支付宝商家码扣0.1%的税。商家二维码收款时，是存在手续费的。商家码如果提现是不用手续费的（前提是把你收取的钱提现），而个人码提现就需要收取手续费了，一般是收取0.1%，对于小商户来说可能就几十块钱的费用，但是对于中大型商户来说，这笔提现手续费就不是个小数目。微信给商家统一费率是0.6%，也就是说，商家超出提现免费额度的，就要按费率0.6%收取手续费。
